Noch etwas fiel mir auf: Hinter Besançon hast Du ein ganzes Stück die N83 in der Route. Die würde ich noch dringender vermeiden als das kleine Stück der D1083 bei Arbois. Es ist dieselbe Straße, mit der man ein ganzes Eck Autobahn abkürzen kann. Ich habe das im Sommer - Juli, mit Auto, nicht August mit Rad - auch getan. Sehr viel Verkehr, manchmal nicht sonderlich breit und Steigung hinter Besançon - ganz miese Kombination.

Da würde ich eher dem Doubs-Radweg weiter folgen und dann über Busy - mit einem ganz kurzen Stück N83 - ins Loue-Tal.