Normale Schiffe gibt es schon, ob sie Velos mitnehmen, weiß ich aber nicht. Reguläre Fähren gibt es nördlich keine mehr. Bzgl. Verkehrsaufkommen am Ostufer kann ich iassu bestätigen, ich war im letzten Jahr am Nordostufer unterwegs zwischen Riva di Gittana und Nordende (weiter ins Valtellina). Ich kam von oben aus dem Hinterland des Ostufers, deswegen der etwas exotische Einstieg. Die Fähre Menaggio - Bellagio - Varenna mit Anschluss der Strecke Varenna - Ballano bin ich auch mal gefahren (wie fast alle Uferteile des Sees, aber auf unterschiedlichen Touren). Zwischen Varenna und Riva di Gittana gibt es mehrere Tunnels, die einige Radler fürchten. Der Rest im Norden ist hingegen quasi ohne relevante Tunnels. Stress ist mir fremd geblieben - war alles Genuss. Den meisten Stress am Comer See hatte ich eher am Westufer südlich von Menaggio. Da wird teils allerdings auch einem Umfahrungstunnel gebaut.
Im Zweifel könntest du in Varenna den Berg anfahren und über Gittana (Ort) und wieder runter zu dem Ortsstrand, wo die Tunnels beendet sind. Letztlich halte ich das aber nicht für nötig, wäre aber wegen der Aussicht interessant, wenngleich sich da noch lohnen würde höher zu steigen (nach Esino Lario, geht weiter über eine Pass ins Valsassina, wo es eine tollen, sogar weitgehend flachen Bahntrasssenradweg gibt - man muss aber erstmal hochkommen, geht auch von Dervio oder Ballano aus). Bericht zur Comersee-Passage im letzten Jahr findest du gegen Ende in diesem Kapitel:
ALP-2024-TiSA-19 ... die Bergamasker Alpen mit Iseo- & Comer See. Möglichst keine Rückfragen, ich werde wohl nicht antworten können.