Hallo,
das ist jetzt so ein bisschen wie Kaffeesatzlesen. Vorausgesetzt es sind kein Bauarbeiten verkehrt der RE 1 halbstündlich zwischen Frankfurt und Berlin. In der Regel kommt man mit Fahrrad einigermaßen gut mit. Da auf den Bahnhöfen der Berliner Stadtbahn ein Fahrgastumbruch (die wenigsten fahren von Frankfurt über Berlin hinaus) stattfindet, würde ich persönlich für den ersten Bahnhof in Berlin, Ostkreuz plädieren. Dort setzt nach meiner Beobachtung ein recht starker Aussteigeverkehr ein. Natürlich müsst ihr euch mit den Radlern, die auf den Folgebahnhöfen aussteigen wollen, arangieren. Ihr findet aber dann vermutlich gute Stellplätze für die Räder und gute Sitzplätze für Euch. Berlin Hbf (oben) ist für mich ein Beispiel, wie man Bahnsteige nicht bauen sollte. Dann eher Ostbahnhof, dort ist in der Regel wenig los. Der Bahnsteig in Alex ist meist recht voll und Friedrichstraße kann ich nicht beurteilen.
Gruß Stefan