Das scheinen noch die guten Maguras zu sein. Das hast du schon mal gut gemacht.
Ich habe immer Probleme mit der Einstellung bzw. mit der Gängigkeit, speziell der festen Seite.
Was ist die feste Seite? Der letzte Bremssattel in der Reihe, also der ohne Ausgang?
Es ist so fummelig, die gut einzustellen. Zudem war es auch so, dass im ausgebauten Zustand der Kolben der festen Seite gängig war, und danach wieder fest. (und an der Felge lag)
Wie fest ist "fest"? Du hast einen Reibungswiderstand in der Leitung (also auch in dem Stück zw. den beiden Bremssätteln), daher arbeitet der erste Bremssattel in der Leitung eher als der letzte. Oder meinst du, dass der Kolben richtig blockiert?
Zudem hat eine auch einen sehr weichen, späten Druckpunkt. Entlüftung hat nur bedingt was gebracht.
Das hat mehrere Ursachen. Die hydraulische Bremse hat sehr viel Kraft und drückt auch den Rahmen und die Gabel auseinander (stell dich mal hinter das Fahrrad, schau auf die Bremsen an den Sitzstreben und lass jemanden mal mit voller Kraft die Hinterradbremse ziehen. Du wirst überrascht sein, wie weit sich so ein Rahmen auseinander biegen kann beim Bremsen). Abhilfe schafft hier u.a. ein Brakebooster (kostet vor ein paar Jahren noch ca. 16€). Damit sollte der Druckpunkt schon deutlich besser sein. Früher wurden auch Stahlleitungen verbaut, die auch einen besseren Druckpunkt bringen.
Oh, hier kommt erst deine Frage???!? Worauf habe ich denn die ganze Zeit geantwortet?

Wenn ich nun bei heißer Außentemperatur das System entlüfte, verliert es dann nicht an Bremskraft, wenn es wieder kälter wird?
Ich glaube, so viel Unterschied ergibt sich nicht aus den Temperaturschwankungen. Ich bin mit der selben Ölfüllung im Sommer durch Namibia und im Winter durch Schottland geradelt. Klappte beides hervorragend.
Was kann ich tun, dass die Kolben besser ein- und ausfahren?Was kann ich tun, dass die Kolben besser ein- und ausfahren?
Säubern, schmieren, beten... In dieser Reihenfolge.

Bin am überlegen, auf ganz normale Felgenbremsen umzubauen. Da weiß ich zumindest, dass ich alles gut montiert bekomme
Das habe ich jetzt auch an einem Fahrrad gemacht, um etwas Gewicht zu sparen.

Ein Bremssockel am Hinterrad ist in Fahrtrichtung, somit ist die Ausrichtung/Belastung eigentlich wie am Vorderrad.
Nur einer? Und der andere?

Du kannst die Bremse entsprechend so einbauen, wie die Sockel sitzen.
Eigentlich kein Problem, wenn ich dies bei der Montage beachte und sie entsprechend umdrehe?
s.o.
Viel Spaß beim Werkeln und wenn die Magura Bremssättel einmal sauber eingebaut sind (bitte mit neuen BRK), dann bleiben sie das auch und sind lange Zeit wirklich eine Sorglosbremse.