Hallo Philipp,
der Alternativen gibt es zahllose - flach sicherlich wenig, aber gemäßigte Varianten. Dein Posting ist für mich nicht eindeutig. Wenn mit Jura-Weg die Velolandroute 7 "Jura" gemeint ist, ist nichts mit nur flach. Col de Marchairuz (auch wenn knapp vorbei) und insbsondere Col d'Aiguillon sind schon harte Bergfahrten, zum Col de la Croix ist die Route zwar etwas gemäßigter als die direkte Linie, die ich kenne - aber auch kein Kinderspiel. Die Jura-Hochebene ist zudem selten flach und birgt einige zähe Passagen. Einfacher geht über Lyon, Bourg-en-Bresse und zum Eurovelo 6 entlang dem Doubs aufzuschließen (Besançon, Belfort, Basel). Eine andere, leichtere Alternative würde an den großen See von Neuchâtel und Biel woie Aare-Tal vorbeiführen, Richtung Basel böten Sich Hauenstein-Pass (einfacher, Verkehr) oder aber Passwang an (entsprechend schwieriger, aber reizvoller).

So gesehen könnt ihr auch andere Bergen im Süden fahren. Ich werde dieses Jahr auch wohl ab Marseile ein Tour fahren - das ist aber nichts für euch. Eine Variante statt Rhone bis Lyon wäre Isère - Radweg wurde hier kürzlich besprochen. Geht dann weiter via Grenoble, Chambèry, Lac Bourget, Annecy - wahlweise auch zur Rhone zurück. Hier aber Richtung Genf mit Tücken. Von Annecy sind die einfachen Strecken recht verkehrsreich, es gäbt eine einsamere Kammroute am Berg Salève vorbei.

Von Marseille böte sich auch ein Route über Vaison-la-Romains, Nyons (nicht mit dem Schweizer Nyon zu verwechseln), Bourdeaux nach Crest an. Dort entweder am Rand des Vercors oder mitten durch nach Grenoble. Man kann das variieren von Nyons das leichte Eygues-Tal bis Rosans, dann Richtung Die, dann Vercors-Anstieg, eher gemäßigt, viele Serpentinen (Col de Rousset).

Eine Hochgebirgsvariante wäre über den Galibier, dazu der Durance folgen nach Briancon. Leider kommt man derzeit dort ncht nach Grenoble über den Lautaret-Pass, weil es eine Tunnelsperrung auf der Strecke gibt. Man müsste also den gut 2000 m hohen Lautaret nochmals übertreffen mit dem 2600er Galibier, um z.B. nach Albertville zu kommen, Anschluss nach Annecy.

Aus Marseille raus: Lohnt ein leichter Hügel nach Aix-en-Provence und weiter nach Le Puy-St-Reparade, Cadenet (der Trommler von Cadenet) mit Ecke über Lousmarin (Postkartendorf, aber teuer) - soweit es Richtung Rhone/Nyons gehen soll (oder man legt einen anderen Bogen). Geht zur Durance rauf, entfällt das wohl, dafür kommen dann Manosque, Sisteron usw.