Denke Prag-Warschau hat mehr Potential für eine schöne, landschaftlich abwechslungsreiche Tour. Zwischen Berlin und Warschau gibt es sehr große, flache ausgedehnte Waldgebiete (je nachdem, wo man langfährt).
Zwischen Prag und Warschau würde man sich wohl anfangs an die Elbe halten, später muss du irgendwie durch das Riesengebirge. Und danach bist du in (Ober-)Schlesien, was auch mit viel Abwechslung daher kommt.

Warschau selbst kenne ich übrigens noch gar nicht, aber nach den Ecken die ich kenne, hätte ich mich südlicher gehalten und z.B. Krakau als Ziel auserkoren. Im Norden Polens (Masuren) gibt es landschaftlich aber auch sehr schöne Ecken, die Ostseeküste natürlich ebenso. Zugsystem funktioniert in Polen übrigens ganz gut, einzig die Ticketbuchung war nicht immer so ganz trivial. Mag sich in den letzten Jahren aber auch geändert haben.