Konkret kenne ich auf der Route nur den Abschnitt zwischen Besancon und Mulhouse - allerdings Straße und abweichend der Eurovelo-Route via Belfort (was evtl. lohnt, wenn du Städte und Festungen besichtigen willst). Unterkünfte gibt es an der Strecke genügend - und auch auf dem Rest der Strecke - soviel darf ich vermuten. Genaues zu preiswerten Quartieren kann ich aber auch nicht sagen. B&B gibt es mittlerweile auch in Frankreich häufiger. Ähnlich wie in Italien muss es aber nicht unbedingt günstiger sein als ein einfaches Hotel.

Hütten auf Campings gibt es zwar etwas häufiger als Detlef vermutet, aber nicht flächendeckend - d.h. du musst dich informieren. In Clerval - den einzigen Camping, den ich dort kenne - gibt es so was nicht. Die Hütten kosten aber i.d.R. Endreinigung - lohnen also meist nur bei mehrtägigen Aufenthalten. Auch die Gites sind nicht immer auf Tagesgäste eingestellt. Telefon ist bei dieser Unterkunftsart unumgänglich, weil oft nur eine Tel.-Nr. am Haus steht und der Vermieter nicht direkt dort wohnt.

Jugendherbergen in Frankreich sind entweder geordnet wie bei uns (z.B. Bordeaux, Mulhouse) oder zuweilen schonmal mit größeren Schlafräumen ausgestattet, wo man nicht zu penibel sein sollte (z.B. Lyon, Avignon). Da es an vielen Städten vorbei geht, ist die JH eine sinnvolle Ergänzung - evtl. auch als Notnagel. Sonst würde ich aber Unterkünfte in kleineren Ortschaften suchen. Am Doubs gibt es davon ein Reihe ganz idyllischer Flecken.