Hallo Peter,
schöne Vorhaben! Die Flussradwege in Tschechien sind touristisch eher nicht so überlaufen. Vielmehr radelt man in Tschechien ja mehrheitlich über (hoffentlich) weniger befahrene Landstraßen. Dezidierte Flussradwege gibt es nicht so viele, folglich auch nicht so viel Radtourismusverkehr da.

Die Elbquelle liegt im Hochgebirge, über 1350m. Da kann man gut hin wandern, vielleicht noch mit einem MTB. Fürs Reiserad ist das nix. Außerdem ist es nicht möglich, den ersten Metern dem Flussverlauf zu folgen; das geht erst ab etwa Spindermühle.

Grundsätzlich könnt ihr auch überlegen, dem nördlichen Grenzverlauf Tschechiens zu folgen. Das geht mit dem Schlucknauer Zipfel (den man vom Elberadweg aus anfahren kann) los, geht dann weiter über Liberec (sehr sehenswerte Sadt), das Iser- und Riesengebirge bis zum Glatzer Land (zu Polen gehörig). Alles sehr schöne Landstriche mit teils deutscher Geschichte. Sehr sehenswert, aber aufgrund der Topografie nur was für Leute, die Bergen nicht abgeneigt sind. Noch weiter nach Süden wird es dann noch hochgebirgiger (Hohe Tatra), aber in der Ecke kenne ich mich noch nicht aus.

Die Abreise aus Tschechien sollte eigentlich von überall mit der Bahn problemlos sein. Einzig von Prag kenne ich die Mätzchen, dass man das Zugankunftsgleis erst kurz vor Einfahrt an einer zentralen Anzeigetafel ausgewiesen bekommt und dann immer Völkerwanderungen quer durch den Bahnhof beginnen. In der Provinz fährt die Bahn recht regelmäßig und ist günstig.