1. Wind: an der Küste gibt ab- und anlandige Winde, schwer vorherzusagen. Im Land können Westwinde dominieren, allerdings weniger bedeutend, als immer wieder vermutet wird - und meistens kommt es anders als man denkt. Bei Schlechtwetter kann es auch in der Gegend des nördlichen Zentralmassiv mal gut regnen (bekannt in Deutschland, dass der Juni nicht stabil ist, vor allem bei Westwetterlagen). Ich selbst hatte ungemütliche Regentage sogar im Juli (um Clermont).

2. Die Wege sind sehr vielfältig, die ihr fahren könnt. Da müsst ihr selbst Prioritäten setzen. Das Straßennetz in Frankreich sehr verästelt und dicht, bei gleichzeitig weitgehend ehr dünnerer Besiedlung als z.B. in Deutschland. Deswegen gibt es auch keine Verkehrslastprobleme, wenn man sich bei der Planung nicht ganz dumm anstellt.

3. Der Norden der Vulkanregion Auvergne und das Limousin bieten zwar bergige oder hügelige Fahrten, ein Tagespensum von 1000 Hm oder weniger ist aber gut machbar (Orientierung: Clermont-Ferrand - Limoges). Eine weder ganz einfache, noch aber keinesfalls schwere Route, die sehr schöne Landschaften und Dörfer abdeckt, kann mann Lyon -> St-Symphorien -> Montbrison -> Ambert (Käseort) - Clermont, von Lyon aus auch ohne viele Stadtgebiet nach Osten schnell in grünes Land gehend. Mit einer Landkarte kann man sich diverse Varianten zurecht legen.

4. Nationalparks liegen quasi keine auf direkter Strecke. Wahrscheinlich meinst du Naturparks? Einziger Nationalpark fällt mir im Süden die Cevennen ein, ist aber schon ein deutlicher Bogen nach Süden, den ich nicht auf euurer Tour sehe (Cevennnen richtig zu erkunden heißt auch kräftige Steigungen).

5. Auf der südlichen Anfahrtsebene lassen sich Dordogne und Lot als Flusstäler in Ost-West-Richtung ansteuern, weitgehend dann mit moderaten Steigungen. Lot ist einfacher als Dordogne, der man insbesondere in den oberen Teilen nicht immer folgen kann. Die vielen Sehenswürdigkeiten der Dordogne liegen eher in der unteren Hälfte, oben ist sie wilder, zerklüfteter, deswegen nicht immer nahbar. Die Frage ist eben, ob das euch zu südlich ist.

6. Für eine Nordvariante mit Limousin/Limoges kann ich hier nichts beitragen, gibt aber dort ein auch eine sehr ländlich geprägte Hügellandschaft, mit Felsenorten oder Schluchten etc. dürfte man dort weniger rechnen - sicherlich aber mit Rindern.

7. Zur Ausfahrt Genf würde ich euch die Kluse über Bellegarde nach Nantua empfehlen, dort Anschluss an den Ain, der den Jura entwässert. Nicht ganz ohne Steigungen und auch der Verkehr kann mal etwas zunehmen. Der direkte Weg oder auch etwas nördlich zum Ain wird vielleicht etwas bergig sein, dafür kann man dann weitgehend einfach dem Fluss folgen (Kartenstudium!). Ich würde das eher empfehlen als westliccher in die Teichlandschaft Bresse vorzudringen, die ich eher für langweilig halte. Einfahrt Lyon von Osten kann lästig werden (viele Ampeln), einfacher wäre von Norden an der Saône (wird aber dann andere Vortour).