Von Norden her nach Zürich rein, finde ich nicht so prickelnd. Grosse Agglomeration und ziemlich zugebaut. Alternativ könntest du die S-Bahn von einer Station etwas ausserhalb bis zum Hauptbahnhof nehmen.

Zum Bodensee, gibt es, wie du bereits selbst gesehen hast, verschiedene Möglichkeiten:
1. Friedrichshafen-Romanshorn mit Schiff (internationale Fahrradkarte gilt hier nicht). Dann auf der Velolandroute Nr. 5 über Wil-Turbenthal-Bassersdorf-Kloten nach Zürich. Diesen Teil der Nr. 5 kenne ich leider nicht, also kein "Erfahrungsbericht", nur: ab Basserdsdorf würde ich die S-Bahn nehmen.
2. F.h.-Romanshorn. Dann dem Seeufer entlang bis Kreuzlingen, und über regionale Velorouten (z.B. Weinfelden-Frauenfeld-Winterthur) nach Zürich. Diese Route führt durch den Kanton Thurgau, das Apfelland der Schweiz ("Mostindien"), und ist hübsch. Eher flach oder gemässigt hügelig. Die Strecke am Bodensee ist ganz nett, man hat oft Sicht auf den See, ist aber leider auch nicht immer direkt am Ufer.
3. Die Süd-Umrundung des Bodensees kenne ich bis zur Rheinmündung nur vom Zugfahren. Lindau-Bregenz scheint mir nicht wahnsinnig interessant zum Radeln zu sein, und wohl ist der Radweg auch oft nahe der Strasse. Du könntest aber in St. Margrethen in die Velolandroute Nr. 4 "einsteigen" (Heiden-Trogen-Teufen-Appenzell-Urnäsch-Wattwil-Kaltbrunn). Da geht es allerdings ziemlich rauf und runter. Du kommst dann an den Zürichsee und kannst auf der Nr. 9 nach Rapperswil fahren. Das weitere Ufer des Zürichsees bzw. die "Goldküste" ist wieder ziemlich dicht bebaut. Ob das zum Radeln interessant ist, naja. Aber es gibt auch hier die S-Bahn. Die Nr. 4 steht schon lange auf meiner Wunschliste. Man ist da immer ganz nah an den Bergen dran und hat schöne Sicht (bei schönem Wetter).

Zu Schaffhausen: Die Strecke (Meersburg-Konstanz mit Schiff)-Dettlingen-Radolfszell (am Ostufer der Halbinsel entlang) - Moos-Horn-Stein am Rhein-Schaffhausen (auf der deutschen Seite) gefällt mir ebenfalls gut.

Ansonsten: wie bereits in diesem Thread gesagt wurde, gibt es verschieden Möglichkeiten, die Schweiz zu durchqueren. Es kommt halt drauf an, wie hügelig, wie einsam, wie viele Städte, etc. es sein soll. Veloland hilft da weiter. Aus Zürich fahre ich mit der S-Bahn raus, z.B. bis Baden. Dann würde ich die Veloland Nr. 5 schön nennen, bis Aarwangen (so weit kenn ich sie, im Gäu, d.h. um Wolfwil herum, t.w. nicht sehr spannend, weil halt flach).
Ich würde wahrscheinlich auch Biel-Neuenburg der Route über Bern vorziehen. Die Altstadt von Biel ist hübsch, man muss sie allerdings etwas suchen. Sie ist nicht beim Bahnhof, sondern etwas am Berg gelegen. Biel-Täuffelen-Erlach ist beschaulich, oft dem See entlang. Neuenburg lohnt auf jeden Fall einen Besuch. Yverdon-les Bains auch.
Die Strecke Yverdon-les Bains-Lausanne kenn ich wiederum nicht, wir haben auf unserer Tour nach Genf ab Yverdon die Jurasüdfuss-Route (Nr. 50) genommen (Orbe-Romainmôtier (klein, idyllisch gelegen, schöne Klosterkirche) - Moiry-L'Isle-Montricher-Mollens-Bière etc.). Sie ist schön und einsam und führt immer oben am Berg entlang. Dafür ist es halt nicht flach. Du findest die Route ebenfalls auf der Seite von Veloland. 2006 war sie allerdings noch nicht ganz fertig ausgeschildert.

Betr. Genf stimme ich Veloträumer zu. Sehr viel Verkehr, hübsche Altstadt (aber sie ist sehr touristisch auch bez. Essen, Preis-Leistungs-Verhältnis überzeugt nicht), die Rue de Rhone ist vollgepflastert mit teuren Geschäften und arabischen Banken, an der Rhone entlang gibt es mittlerweile viele in-Bars, edel und teuer. Es gibt nette Ecken in Genf, aber man muss sie suchen. Ein Abstecher nach Carouge ist ganz hübsch, wenn du Zeit übrig hast. Das ist ein Vorort von Genf mit noch altem Baustil. Wirkte allerdings bei meinem letzten Besuch auch schon etwas museal. Aber das weisst du ja wahrscheinlich alles selber (habe soeben gesehen, dass du einige Monate in Genf warst).

Gruss, Bettina