Euer Vorhaben klingt auf jeden Fall spannend, auf einen Reisebericht freue ich mich jetzt schon

Eure Vorgaben sind allerdings recht ambitioniert: Dresden, Graz und Karlsruhe und von allem maximal 700km weg - da bleibt ja fast schon nur noch die fränkische Schweiz in der Mitte übrig

Und 700 km wird mit ÖP
NV auch schwierig, da sitzt du stundenlang im Zug und lässt mit jeder Minute Verspätung Nerven (Anschlusszüge). Ich würde eher schauen, dass es eine gute Anbindung an das Netz des CNL oder der ECs/ICs mit Fahrradmitnahme gibt.
Wenn Steigungen und Gefälle für euch wirklich so ein Problem sind, dann vermute ich, dass es auch mit Flussradwegen im Mittelgebirgsraum schwierig wird. In der Regel geht es nicht permanent am Ufer lang, sondern auch mal davon weg und somit zwangsläufig auch hoch. Die Flüsse im Norden (Elbe, Oder, Spree, Weser?) könnten geeigneter sein.
Allerdings muss es auch nicht unbedingt an einem Fluss lang gehen, ein Seengebiet (Müritz,
Lausitz), könnte z.B. auch passen.